The pangenome structure of human pathogen Mycobacterium kansasii

Sur Saubashya: The pangenome structure of human pathogen Mycobacterium kansasii. In: Acta biologica Szegediensis, (66) 2. pp. 192-201. (2022)

Előnézet

Cikk, tanulmány, mű biologica_066_numb_002_192-201.pdf Letöltés (4MB) | Előnézet

Absztrakt (kivonat)

The non-tuberculous Mycobacterium kansasii, is the causative agent of destructive pulmonary and extrapulmonary infections in immunocompromised persons. Incessant use of multiple antibiotics and lack of effective vaccines did little to combat M. kansasii mediated infections. Here, a bioinformatic analysis has been carried out using PanExplorer, to analyze the pangenome aimed at functional characterization of the bacterium, understanding it’s pathogenic lifestyle and recognize the factors shaping evolution and variations amongst strains. M. kansasii had a large core genome (60.2%), a small (11.9%) dispensable genome and 27.9% strain-specific genes. The core genome of M. kansasii had a high concentration of COGs (Cluster of orthologous genes) linked to energy production and conversion, amino acid transport and metabolism, nucleotide transport and metabolism, coenzyme transport and metabolism, and secondary me-tabolite biosynthesis, transport and metabolism. Interestingly, numerous genes within the core and dispensable genome were associated with pathogenesis and virulence. Noteworthy among them were type VII secretion, ESX, PP and PPE family proteins. Although, M. kansasii genomes revealed overall relatedness and conservation, genomic rearrangements caused variability within the strains. The information from this analysis could assist future microbial genomics research on M. kansasii, and further studies, e.g., concerning distinctive gene clusters, and evolution.

Mű típusa:	Cikk, tanulmány, mű
Befoglaló folyóirat/kiadvány címe:	Acta biologica Szegediensis
Dátum:	2022
Kötet:	66
Szám:	2
ISSN:	1588-4082
Oldalak:	pp. 192-201
Nyelv:	angol
Kiadó:	University of Szeged
Kiadás helye:	Szeged
Befoglaló mű URL:	https://acta.bibl.u-szeged.hu/86898/
DOI:	10.14232/abs.2022.2.192-201
Kulcsszavak:	Bioinformatika, Mikrobiológia, Genomika, Fertőző betegségek, Immunológia, Tuberkulózis
Megjegyzések:	Bibliogr.: p. 200-201. ; ill. ; összefoglalás angol nyelven
Szakterület:	01. Természettudományok 01. Természettudományok > 01.06. Biológiai tudományok 03. Orvos- és egészségtudomány 03. Orvos- és egészségtudomány > 03.01. Általános orvostudomány 03. Orvos- és egészségtudomány > 03.03. Egészségtudományok
Feltöltés dátuma:	2025. ápr. 15. 08:10
Utolsó módosítás:	2025. ápr. 15. 08:10
URI:	http://acta.bibl.u-szeged.hu/id/eprint/86932

Bővebben:

Tétel nézet